本系统产品具有三级手动功能，保证系统具有高度的可靠性，在多种意外情况发生时系统仍能正常工作。
本项目中的自控系统，用于监控空调系统运行、调节车间温湿度和压差，设置了冬季、夏季模式和正常、消毒工况。冬夏季控制过程，可根据工艺要求进行如图设置：
同时，对于塑瓶大输液生产线的关键工艺间（浓配间、稀配间、灌装间），将温湿度和压差进行独立控制，确保生产环境符合GMP和工艺要求。
灌装室FFU状态监控：灌装室设有2个FFU组群。在灌装室设1台触摸屏，通过专业的软件编程及调试，能在中央管理站（上位机）及灌装室触摸屏上直观地监测与控制FFU，包括FFU启停控制、运行状态、故障报警、转速档位调节等。
科伦药业为大输液生产线，对空调自控水平要求较高，控制过程复杂，既有关键工艺间的室内正压风机变频控制，又有排风机联锁控制，还需与室内FFU风机联网，进行尘埃粒子计数监测等，几乎容纳了所有空调自控和洁净区环境监测所涉及的范围。
本系列工程的所有产品从上位机软件，到控制系统，到末端产品（温湿度传感器、室内压力传感器，风道压差传感器、水阀、蒸汽阀，风阀驱动器、压差开关等）全部采用柏斯顿公司自有知识产权产品，性价比突出，使用效果良好。
控制系统具有较高的先进性，符合GMP认证标准，技术上不低于同行业现应用设备技术水平，且3～5年不落后。设计上使用由中央管理站、通讯系统、可编程控制器(PLC)及二次仪表构成的DCS厂房环境设备分布式控制系统。
本工程共约300控制点，选用6台PLC控制器，PLC1控制JK1系统，PLC2控制XF1及XF2系统， PLC3控制JK2系统，PLC4控制JK3系统，PLC5控制XH1、XH2及XH3系统，PLC6控制JK4系统及SK3、SK4系统。每套系统均由1独立的PLC控制仪表柜控制。
本着安全、可靠、先进、实用的原则，本系统现场检测设备（室内温湿度传感器、新风、送风温度传感器等）、其它二次仪表（微差压变送器）及执行设备（电动水阀、蒸汽阀、电动风阀执行器等）选用与美国BESTON合资生产产品。
